Jake kommer ved et tilfælde på sporet af et mysterium i sin familie. Det hænger sammen med et hemmeligt tilflugtssted på en ø uden for Wales kyst kaldet Frøken Peregrines hjem for sælsomme børn med overnaturlige evner. Stedet er under kyndig ledelse af børnenes beskytter, Miss Peregrine, og mens Jake lærer beboerne og deres sælsomme evner at kende, opdager han også, at Miss Peregrinie er i fare, for den onde Barron og hans følgere er ude på at ødelægge børnehjemmet. Han sætter sig for at hjælpe hende – og samtidig opklare mysteriet i sin familie.
