Les Chevaliers de Gotham découvrent que Turner souffre d'un empoisonnement et se lancent à la recherche d'un remède. Harvey rencontre son double maléfique.

Les combattants de la résistance lancent une attaque contre les aliens. Tom, lui, reste au camp, afin de protéger les civils. De leur côté, Hal, le capitaine Weaver et Scott échafaudent une initiative des plus risquées. Les motivations des aliens trouveront-elles enfin un début d'explication ?...

Tom est parti depuis trois mois à bord du vaisseau extraterrestre. Hal et Ben, devenus des combattants aguerris, continuent de venir en aide à ceux qui ont souffert des combats. Mais ils ne pensent en réalité qu'à une chose : retrouver leur père. Le capitaine Weaver essaie tant bien que mal de coordonner les opérations de la résistance. Pendant ce temps, Matt tente de trouver sa place dans ce monde bouleversé. De son côté, Anne se montre progressivement plus maternelle avec les fils Mason...

La résistance manque de tout, et le combat est inégal, d'autant que les extraterrestres ont mis en œuvre des moyens colossaux. L'invasion est-elle irréversible ? Faudra-t-il composer définitivement avec ces créatures si radicalement différentes ? Tandis que les actions d'éclat des résistants se succèdent, certains humains veulent encore croire à la possibilité d'une cohabitation en bonne intelligence. Pendant ce temps, l'état de santé de Tom inquiète ses fils et Weaver...

Le capitaine Weaver tente d'adapter sa stratégie en permanence. Peu à peu, les informations dont dispose la résistance permettent aux combattants de cibler des objectifs plus pertinents. De leur côté, les extraterrestres continuent de traquer les êtres humains. Leur avance technologique suffira-t-elle à maintenir leur suprématie ? Alors qu'ils patrouillent, Ben et Jimmy sont surpris par des extraterrestres : les choses tournent mal. Enfin, les relations entre Tom et John Pope se tendent de plus en plus et deviennent violentes...

Voulant prouver son courage, Matt, le plus jeune fils de Tom, sert d'appât pour piéger deux Skitters. En apprenant cette nouvelle, Tom lui fait la leçon. En patrouillant, Hal et Ben se font voler leurs motos. Ils découvrent une bande d'adolescents, avec parmi eux Jeanne, la fille de Weaver...

Ben a disparu. Face à la situation, Rick aide les résistants à le rechercher. Le groupe le retrouve. Le jeune homme est l'alien qui a épargné son père. Ensemble, ils communiquent. Ben insiste et convainc son père de ne pas tuer cet alien. Ce dernier revient au camp avec les résistants. Mais la présence d'aliens au sein de la communauté complique sérieusement la situation déjà tendue. L'alien discute avec Tom et lui avoue que bon nombre de ses semblables sont prêts à stopper le combat. Mais l'alien finit par s'échapper. Rick est alors mortellement blessé. Tom fait le point sur la situation et se rend compte que son fils Ben devient un danger pour les résistants...

Andrea est seule à la maison le temps d'un week-end. Elle en profite pour sortir retrouver de vieux amis. De retour chez elle, ce qui s'annonçait comme un moment de liberté tourne au cauchemar...

Rory prépare une surprise pour l'anniversaire de sa mère : la plus grande pizza du monde. Lorelai, quant à elle, supervise les réparations de l'auberge, gravement endommagée. Richard annonce à sa fille qu'à sa naissance, il a placé de l'argent et qu'elle possède aujourd'hui 75 000 dollars. Heureuse, elle décide de rembourser le prêt de ses parents. Luke déjeune avec Nicole et ses parents...

Alors qu'il vient chercher des places pour le bal de fin d'année, Jess apprend qu'il ne sera pas diplômé et devra redoubler. Il le cache alors à tout le monde. Lors d'une soirée où le groupe de Lane joue, Dean et lui en viennent aux mains après une dispute avec Rory. Dave tolère de moins en moins la présence de Young Chui...

Lorelai et Sookie sont choquées d'apprendre la mort de Fran, mais cela signifie que son auberge est enfin à vendre. Dave essaie de convaincre la mère de Lane de le laisser aller avec elle au bal de fin d'année. Dean apprend à Rory qu'il va épouser Lindsay, et le père de Jess rend visite anonymement à son fils...

Renvoyé de chez Luke, Jess quitte Stars Hollow sans prévenir personne et part à Venice retrouver son père. Rory est extrêmement stressée à l'approche des examens de fin d'année et Lorelai apprend qu'elle n'aura pas d'aide financière pour Yale...

Rory se réconcilie avec Dean et fait un discours émouvant lors de la cérémonie de remise des diplômes. Les filles se préparent à partir en Europe et Luke en croisière avec Nicole. Alors que l'Independance Inn est sur le point d'être vendu et que Lorelai a laissé son projet de côté pour payer Yale, Rory trouve une solution à tous leurs problèmes...

Joueur de talent, Michael est un jour confronté à Alex, un mystérieux rival, capable de changer les cartes qu'il tient en main. Couvert de dettes, Michael a alors l'idée de dévaliser un casino, en montant une équipe de personnes qui possèdent des supers pouvoirs. Mais Alex n'a pas dit son dernier mot.